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28 de agosto de 2012

Obituario tardío de un (muy) ilustre desconocido

Me enteré por casualidad de que este año falleció el Dr. Donald Nicholson.
Me enteré, en el mismo acto, de que el Dr. Donald Nicholson existía.
Y aquí estoy, escribiendo sobre él en este blog.


Porque el Dr. Nicholson resulta ser el autor/impulsor de uno de mis objetos nerd favoritos: el mapa de rutas metabólicas. Si ser un nerd fuera algo que uno tiene que confesar, mi pecado principal no hubiera sido jugar juegos de rol sino haber deseado una copia impresa de este mapa.

Miren qué bonito (clic en la imagen para abrir en otra ventana el recontra mega enorme pdf).

Mapa de rutas metabólicas

Amigos biólogos, si no huyeron hasta ahora, es momento de ir a hacer otra cosa. Para el resto les cuento.
Este póster muestra todas las reacciones químicas necesarias para construir los componentes básicos de los seres vivo. Cada flecha representa una reacción: el cambio de una molécula a otra, ya sea por adición o sustracción de átomos, o por un cambio de lugar de los que tenían.

Si querés armar tu propio animal, planta o bacteria, necesitás todo lo que se muestra aquí: azúcares (arriba a la izquierda); moléculas aromáticas (con "anillitos" de carbono, arriba a la derecha), purinas y pirimidinas que son, junto con los azúcares, los componentes del ADN (en el centro a la derecha), aminoácidos para construir las proteínas (abajo derecha) y grasas (abajo a la izquierda). En el medio están las reacciones de degradación de la glucosa, una arriba de la otra, y en esa mancha amarilla del medio, las reacciones que funcionan adentro de las mitocondrias, nuestras usinas energéticas celulares. Y en el medio a la izquierda, en un formato levemente distinto al resto, las reacciones de la fotosíntesis de donde, en última instancia, provienen todas las moléculas del póster. Por supuesto, esas reacciones no se dan en los humanos; las reacciones del metabolismo humano están marcadas con flechas negras.

Adentro de la mitocondria está este "círculo" de reacciones: el ciclo de Krebs. Todos, pero todos los seres vivos llevan a cabo en sus células este ciclo. Es tan ubícuo que una de las propuestas para el origen de la vida a partir de materia no viva propone que lo que primero se generó fue este ciclo de transformaciones, y el resto de las reacciones (y los genes) se agregaron después.


Si se fijan, cada flecha tiene al lado un numerito. Ese es el código de identificación de la enzima que lleva a cabo la reacción. Sólo una enzima tienen un tratamiento diferencial: la ATP sintasa, un complejo proteico gracias al cual se genera ATP, algo así como la moneda de intercambio de energía dentro de las células.

(Perdida en el medio, con el código 1.1.1.1, está la alcohol deshidrogenasa, la enzima que produce el etanol que tantas alegrías nos brinda. Déjense de joder con próceres y hagan un monumento para la 1.1.1.1)

Como toda visualización, el Mapa da una falsa sensación de poder. Si quisiéramos armar un ser vivo, necesitaríamos mucho más que lo que se muestra; y no sabemos cuánto de cada componente en qué momento. Pero sin esto, olvídalo cariño. Cada vez que me topo con él, me quedo mirando un rato, viendo cómo llegar desde un lugar a otro. Miro todas esas reacciones ordenaditas, como en una cadena de producción, cada una con su operario-enzima, y recuerdo que una célula sería la pesadilla de Ford: todas estas moléculas y enzimas rebotando de un lugar a otro de la célula, encontrándose al azar; su futuro determinado por la concentración de otros compuestos y de las enzimas involucradas. Sería como armar un auto de Lego en una pista de patinaje, con cada patinador llevando una pieza, tratando de encontrar al otro que tiene la complementaria... y lograrlo. Bah, lograr tener los componentes básicos; la cadena de ensamblado viene después, en el mismo lugar, con otra cantidad enorme de operarios. Imposible ¿no? Pero acá estamos.

Y además, el Mapa, el conocimiento científico todo, es como ese auto. Cada estructura molecular, cada fórmula, es resultado del trabajo de decenas de químicos. Cada numerito de enzima representa decenas y decenas de bioquímicos que identificaron su actividad, desarrollaron métodos para aislarla; biólogos moleculares que buscaron los genes correspondientes. El Mapa no es solo de reacciones: está hecho de cientos sino miles de vidas, de pasiones, cada una por su lado, encontrándose casi por azar, armando un cuadro mucho mayor que ellas mismas. Cada aporte, mínimo. Cada aporte, indispensable.

Y entre ellos, el de Donald Nicholson, obsesionado con reunir todo en un solo cuadro. Gracias a él por mostrarme otra parte del mundo.






Hoy en lugar del videíto de yapa, les dejo una animación de la ATPasa, realizada por Nicholson para que molesten con preguntas a su biólogo o bioquímico amigo.

17 de julio de 2012

Si dos modelos se miran feo por TV ¿es tensión superficial?

A raíz del video de ayer, el público solicitó explicaciones de lo que Leon Lederman explicaba de tensión superficial. Así que aquí va una breve expliqueta al estilo Juan Poquito.

La tensión superficial: esa incómoda espera en la entrada.

En un líquido, las moléculas que lo forman se atraen levemente entre sí. Por eso, es un líquido: si las moléculas se unieran entre ellas, sería un sólido. Si no se dieran pelota, andarían sueltas por allí y en lugar de un líquido tendríamos un gas. Por supuesto, la interacción con otras moléculas, como las del aire, es posible. Y dado que en el aire hay más lugar, finalmente las moléculas del líquido se dispersarán hacia allí. Pero en un tiempo corto, las moléculas del líquido preferirán la atracción entre ellas a la atracción del espacio libre, o a la atracción de las moléculas del aire. A mí se me hace similar a la situación de personas conocidas en una fiesta con mucha gente: tras mirar un poco a uno y otro lado, escamoteando canapés, se van juntando grupos afines que le dan la espalda al resto del mundo, hasta ocultar que se afanaron una bandeja directamente de la cocina. Una cosa así:



Los hombres de gris tienden a juntarse, y en el proceso, forman un círculo. Las gotas de un líquido tienden a formar esferas, que la gravedad deforma.
Ahora bien, si uno quiere entrar en la conversación del grupo (y robar una albóndiga), va a tener que hacerse lugar, vencer cierta resistencia, empujar un poco para meterse entre las moléculas. Esa fuerza que hay que hacer es la tensión superficial.

El señor que habla con Leo en el video es un fotógrafo especializado en líquidos, y le pregunta cómo puede hacer para conseguir más gotas. Leo propone una solución: que le agregue sal o azúcar al agua. (¿Entendieron? Una solución. ¡JA!)

Lo que sucede entonces es que, mezcladas con las moléculas de agua, aparecen otras que también son atraídas por ellas. Entonces ya no es tan sencillo que las moléculas del líquido formen grupos cerrados, por lo que la tensión superficial es menor, y el líquido se rompe más fácilmente entre en gotas más chicas. Es como si metiéramos en medio de la reunión un montón de adorables e inquietos cachorritos:



Así que ya saben: si quieren romper la tensión superficial, agreguen un segundo en discordia al líquido. Y si es una reunión, lleven un cachorrito, y van a ver qué levante.

Y ya que estamos: la tensión superficial, para nosotros, es una pavada que rompemos con el dedo. Pero para otros bichos, crea un mundo nuevo. Por ejemplo, para los insectos de la familia Gerridae, que directamente caminan sobre el agua. Miren qué mononos:

13 de abril de 2012

La cosa más asombrosa

Esto lleva un ratito dando vueltas por la red, primero como texto y luego como video. Se trata de la respuesda del astrofísico Neil DeGrasse Tyson, un divulgador norteamericano, frente a la pregunta "¿Puede compartir con nosotros cuál es el hecho más asombroso del Universo?".


20 de enero de 2012

No, oso no. CHANCHO ¿tendés? CHAN-CHO

Tenía que poner este video porque ¿quien no se conmueve viendo una cruza de rata con pecarí con conejo con ratón sin pelo? Y de paso, aclarar una confusión animada-zoológica.

¿Recuerdan los dibujitos de la hormiga y el oso hormiguero que acompañaban los dibujitos de la pantera rosa? ¿No? Bueno, eran así:



Y si buscan una imagen de oso hormiguero, es un tipejo así:


¡Las orejas! ¿Por qué tiene las orejas tan grandes el del dibujito? Me lo pregunté mucho tiempo hasta que descubrí el año pasado que aardvark (el nombre del oso hormiguero en inglés) no es el oso hormiguero sino el CHANCHO hormiguero africano. Que además tiene otro nombre, el segundo de mis favoritos después de ornitorrinco.

Con ustedes, el oricteropo. Y de paso, un oricteropo bebé.



 Ahora preguntensé qué harían sin mí, ustedes...

12 de mayo de 2010

Nature by numbers: matemáticas y naturaleza

Un "videíto" 3D que muestra la presencia de algunos números y series en la naturaleza. Tal vez un pelín rápido, pero super claro.
 

Nature by Numbers from Cristóbal Vila on Vimeo.

A propósito: si puse todo en su lugar, las entradas del blog van a volver a llegar por correo a los antiguos suscriptores de Aguavivas. Como hace rato que Miguel, Ingrid et al no aportan, si no les interesa el resto ¡denle sin asco a la desuscripción!*

*(Cómo me gustan estas oraciones a lo Blanca Cota.)

5 de enero de 2009

Buho transformista

Esta especie de buho africano varía su aspecto según según la especie del predador que se le acerque. Dejo al público elaborar las analogías políticas de su preferencia...



Choreado a grrlscientist

22 de noviembre de 2007

La gente se apronta (?)


En Svalbarg, Noruega, comenzó el proceso de enfriamiento del banco de semillas más grande del mundo.

En India, estudian la utilización del calor remanente de plantas nucleares para desalinizar agua de mar.

En Australia, la ya decreciente población de demonios de Tasmania está afectada por un cáncer facial transmitido por virus. El problema: se sabe poco y nada sobre las características de la enfermedad como para ayudarlos rápidamente. Piden donaciones.

Todo esto sumado da algún resultado que, o se me escapa, o dejo escapar.

10 de octubre de 2007

Piedra, papel, tijera: una de lagartijas y sexo

En nuestra tierna cursada de "Introducción a la Zoología", los biólogos de la UBA nos topamos con la historia de las lagartijas unisexuales (que tal vez algún biólogo amigo quiera resumir para este blog), y al menos en el caso de un servidor, quedamos marcados para siempre con una extraña relación entre lagartijas y sexo que hace maravillas a la hora de amenizar reuniones. Y quedar como un nerd del tipo enfermito sexual.

Para no interrumpir esta maravillosa tendencia, va otra anécdota lagartijil que llenará de gozo cualquier kermese a la que acudan.

Estos que ven arriba son tres machos de lagartija común europea (Lacerta vivipara). Como ven, tienen colores distintos en el vientre. Para qué le sirven, si es que sirven, no lo sé. Pero a Barry Sinervo le sirvió para identificar un juego evolutivo de "piedra, papel o tijera" entre estas lagartijas, en un trabajo que el muy tonto llevó a cabo en los Pirineos franceses, lugar feo si los hay.

La cosa es así: los machos de panza blanca se quedan cerca de sus hembras para vigilarlas de cerca, y colaboran con otros machos para defender su territorio. Los machos de panza naranja en cambio son agresivos y su estrategia es invadir los territorios de otros machos para aparearse con cuanta hembra se crucen. Pero esa estrategia los obliga a dejar su propio territorio. Ahí aparecen los de panza amarilla, que se meten sigilosamente en el territorio vacante y hacen lo suyo con las hembras que el grandote abusón dejó descuidadas; una estrategia que no sirve frente a la activa vigilancia de los blancos.

Entonces: la fuerza bruta naranja le gana a la cooperación blanca, la cooperación le gana al sigilo amarillo, y el sigilo le gana a la fuerza bruta.

¿Qué tul? Este mecanismo lleva a la supremacía sucesiva de cada tipo de macho -y de estrategia- con el paso de las generaciones; un fenómeno que habían predicho Sewall Wright en 1968 y John Maynard Smith en 1982. Y que probablemente se lleva a cabo en muchas especies, sin que lo sepamos.


Este juego ya había sido descripto antes en unas lagartijas de Norteamérica emparentadas con estas. Sinervo está tratando de identificar los genes que determinan este comportamiento, para ver si están presentes en ambas. De ser así, este juego de piedra papel y tijera se vendría jugando desde hace mucho tiempo. Y tal vez los humanos lo estemos jugando, aunque se haya vuelto algo más complicado...


El site de Sinervo:
http://bio.research.ucsc.edu/~barrylab/

Variantes enfermas de P-P-T:
http://www.umop.com/rps.htm


Ah, y por si no se dieron cuenta: cambió el nombre del blog y su contenido. Las aguavivas seguirán apareciendo, cuando pueda dedicar el tiempo a pulirlas, pero mientras tanto, no respondo de los contenidos. Los que estén suscriptos al grupo de google, pueden desuscribirse si no quieren recibir tonterías de este tipo.

Y eso. Hasta la próxima.